V 20. storočí máme dobre zdokumentované viaceré obnovy kostola sv. Jána z Mathy. Väčšie renovačné práce sa uskutočnili v r. 1903, kedy aj fresku v kupole reštauroval Karol Reismann z Budapešti, taktiež bolo reštaurované zlátenie, umelecké mramorovanie a iné. Práce viedol architekt Altenbuchner, po jeho smrti Ján Glaser a po ukončení posúdila práce Komisia pre zachovanie pamiatok.

V roku 1924 žiadala Apoštolská administratúra z Trnavy príspevok na rekonštrukciu kostola od Referátu na ochranu pamiatok, nakoľko kostol nemal patróna a dostatočne veľkú základinu. Vtom istom roku skutočne subvenciu 19 000 korún dostali. Neskôr bola navýšená až na 23 000 korún. Staviteľ Alexander Feigler potom realizoval opravu strechy, obnovu fasády s portálom a niektoré nátery. Na fasádu boli použité dva odtiene farieb, slabožltá na steny a okrová pre pilastry a ostatné vystúpené časti omietok. Farské budovy boli natreté hnedými a zelenými odtieňmi, takže sa odlišovali od kostola. Obnovu kostola inicioval farár Imrich Nádor, ktorý s úradmi komunikoval maďarsky a nemecky. Apoštolská administratúra v Trnave v roku 1934 protestovala proti zámeru asanovať starú budovu fary, nakoľko išlo o pamiatku. V roku 1938 tento podnet prešetrovala pamiatková komisia. V roku 1938 vyšetrovali aj nelegálnosť výrubu veľkých pagaštanov, ktoré boli v 19. storočí vysadené priamo pred kostolom. Farnosť argumentovala ich zlým zdravotným stavom a výsadbou nových líp na ich miesto. V roku 1939 opäť podporil štát na žiadosť farára Imricha Nádora sumou 10 000 korún obnovu omietky kostola ako aj jeho strechy.

V roku 1946 sa previedla oprava portálu, výmena schodov, kamenného sokla kostola a podobne. Za socializmu tiež prebehli viaceré reštauračné práce na kostole. V roku 1958 vykonala farnosť „generálnu opravu“ kapucínskeho a trinitárskeho kostola. Počítalo sa hlavne s opravou omietky a exteriérových kamenných článkov. V roku 1967 bolo z Mestského národného výboru nariadené aby kostol ešte v tom roku vykonal opravu zatekajúcej strechy a obnovu zatečenej fresky podľa priloženého plánu, nakoľko hrozila deštrukcia maľby. Obnovami v neskoršej dobe našťastie vrcholno-barokový výzor kostola skoro vôbec neutrpel.

Dňa 6. marca 1945 bol za nového farára vymenovaný Augustín Hladík, kaplán u sv. Martina. Konkurz bol vyhlásený 15.2. a trval až do konca februára 1945. A. Hladík spravoval farnosť ako jej administrátor od 9.2.1945. Od 25.1.1945 spravoval farnosť Jozef Lintner. Kaplánmi boli J. Lintner, Ferdinand Baumgartner a Ladislav Ryšavý. Pod správou Augustína Hladíka začal život farnosti rozkvitať, zreštaurovala sa i budova kostola. V práci mu bol veľmi nápomocný advokát Obtulovič. Avšak tento horlivý farár nemohol dokončiť začaté dielo, lebo 11.5.1947 o 5. hodine popoludní zomrel na zlyhanie srdca. Dňa 15. mája 1947 bol s veľkou slávou pochovaný na cintoríne sv. Ondreja. Biskup Jantausch zomrel v Trnave 26.6.1947 a nový trnavský apoštolský administrátor Ambróz Lazík bol na pokyn vlády vymenovaný až 6.7.1947. Keďže počas „sede vacante“ nemohol byť vymenovaný nový farár, spravovali farnosť vymenovaní správcovia. Prvým bol Ferdinand Baumgartner, ktorý túto funkciu vykonával až do 1.9., kedy vzal na seba povinnosti prefekta seminára. Ďalším správcom bol Alexej Izakovič, ktorý bol po dvoch týždňoch uväznený (uväznený bol 19.9.1947, oslobodený 30.9.1948). Jeho úlohy do konca roka vykonával Jozef Šátek. Nakoniec 1.1.1948 bol za nového správcu (keďže nebola nádej na vymenovanie farára) vymenovaný Augustín Zuzák, kaplán u sv. Martina. Svoje úlohy začal vykonávať 10.1.1948. V tom čase bol vo väzení aj Dr. Obtulovič.

Od roku 1950 viedol farnosť Štefan Záreczký. Narodil sa 4.4.1913 v Galante. Jeho rodina prišla na Slovensko z Maďarska po II. svetovej vojne. Do roku 1950 bol farárom v Lehniciach (Lég). V rokoch 1950–1990, teda takmer počas celého komunistického režimu pôsobil v tunajšej farnosti. Okrem funkcie dekana, farára a kanonika bol aj popredným činiteľom „Mierového hnutia duchovenstva - Pacem in terris“, ktorého názov bol falošne prevzatý z Encykliky pápeža Jána XXIII. Dňa 1. februára 1990 ho na žiadosť arcibiskupa Jána Sokola vymenil Anton Kebis, predtým farár v Kútoch. Okrem dôkladnej revízie zanedbanej farnosti si vytýčili dostať späť súdnou cestou pre cirkevné potreby všetky farské miestnosti, ktoré doteraz mala predajňa „Sovietska kniha“. Záležitosť sa podarila vyriešiť a po rekonštrukcii vznikol Katolícky dom evanjelizácie - Quo Vadis, ktorý bol otvorený roku 1995. Na rekonštrukciu prispeli okrem veriacich i darcovia zo zahraničia: Biskupská konferencia Nemecka sumou 35 000 DM a manželia Derxenovci z Holandska sumou 117 000 USD. Farár dostal poverenie vybrať rehoľné sestry a dobrých laikov na prípravu katechétov pre Bratislavu, čo sa po dlhých prednáškach a školeniach aj podarilo a bolo vybratých 110 schopných katechétov pre celú Bratislavu. Okrem toho im bolo uložené za povinnosť pripravovať spolu s kaplánom Vavríkom na krst a k ďalším sviatostiam mladých ľudí od 17 rokov, ktorí pochádzali z ateistických alebo nábožensky ľahostajných rodín. Hneď v roku 1990 sa prihlásilo okolo 140 záujemcov. Mnohí z týchto ľudí boli už dospelí. To isté sa zopakovalo aj v roku 1991 a 1992. Ďalšie roky to už bolo rozdelené medzi bratislavské farnosti.

Ku farnosti Najsvätejšej Trojice patrili aj dve kaplnky: jedna na Úrade vlády (bývalý Arcibiskupský palác) a druhá v Prezidentskom paláci. Prezidentský palác bol daný Socialistickej mládeži ako Dom pionierov. Po páde komunizmu kaplnku vo vládnej budove vyprázdnili, lebo bola skladišťom a vrátili tam barokový oltár, ktorý bol ukrytý vo farskom kostole v Dúbravke, údajne na pokyn Dr. G. Husáka, ktorý sa tam narodil. Po zreštaurovaní kaplnky bol farár pozvaný na Úrad vlády, aby ju prebral. 30.10.1991 kaplnku posvätil. S vládnymi činiteľmi sa dohodli na čase slúženia sv. omší v kaplnke: Okolo sviatku sv. Cyrila a Metoda, Panny Márie Sedembolestnej, ako aj okolo Vianoc a Veľkej noci, čo sa aj spočiatku zachovávalo. Po vysvätení si posedeli s viacerými ministrami na čele s predsedom vlády Dr. Čarnogurským. Pri posedení prišiel za farárom jeden z popredných činiteľov Ministerstva hospodárstva a povedal mu: „Bývalý prezident Husák, je na tom zdravotne zle. Odriekol už všetkých priateľov. Ale ak vás pozvú ho zaopatriť, ochotne choďte.“ Začul to aj prítomný arcibiskup Sokol a hneď prikázal aby si to farár Kebis vzal na starosť. V tom čase Dr. Gustáv Husák (10.1.1913 - 13.11.1991) ležal ešte doma. Ošetrovala ho bývalá sestra zo Štátnej nemocnice, Ada Burdejová. Bola veľmi schopná a aj úprimná veriaca. Medzi iným spomínala, že dala chorému podmienku, že ošetrovanie prijme, ak bude môcť chodiť na sv. omšu každú nedeľu a vo sviatok, s čím on úplne súhlasil. Ale stalo sa jednu nedeľu, že bol dosť zle a nemohla od neho odísť. Ošetrila ho a nechala v posteli s tým, aby pokojne ležal, že ide dole na prízemie sledovať sv. omšu z televízie. Počas sledovania sv. omše začula zvuk. Pozrela sa hore cez otvorené dvere a zbadala svojho pacienta, ako sa díva na sv. omšu. Prekvapená ho poslala do postele so slovami: „Veď táto svätá omša je už po novom a to nepoznáte.“ A on jej odpovedal: „Myslíte, že nepoznám?“ Sama povedala, že nikdy nepovedal žiadnu protináboženskú poznámku. Keď sa mu zdravotný stav zhoršil, bol prevezený na ARO na Kramáre. Tam prejavil túžbu po kňazovi. Zdravotná sestra šla do Kňazského seminára a Božím riadením sa tam stretla s otcom arcibiskupom a ten prišiel hneď na faru sv. Trojice. Farár zatelefonoval narýchlo niektorým ľuďom, aby sa modlili za konverziu najväčšieho komunistu. Potom vzal aktovku, ktorú mal určenú na zaopatrovanie a pomodlili sa pred Eucharistiou za neho, aby to bola skutočná konverzia. Chorého zaopatril sám otec arcibiskup a ako sám povedal, bol pri plnom vedomí 12.11.1991. Na druhý deň zomrel.

Úcta k Panne Márii sa špeciálnym spôsobom slávila už od roku 1854 pred starobylým a vzácnym obrazom v našom kostole. Úcta časom ochabla a tak na farárovo naliehanie obraz vyčistili, rám obrazu pozlátili a úctu k Matke Božej obnovili. Každoročne sa 8. decembra koná slávnosť, ktorá je spojená so zasvätením mesta Bratislavy Panne Márii. Prvýkrát sa obnovená slávnosť uskutočnila v roku 1992.

V roku 1993 bol postavený nový mramorový kríž vo farnosti v lokalite Červený kríž. Na obnovení kríža sa výraznou mierou podieľal farárov brat Ing. Pavol Kebis, člen mestského výboru.

K 15. novembru 1997 odišiel farár Kebis do dôchodku do Charitného domu v Pezinku a na jeho miesto nastúpil súčasný farár Ján Adamus.